Kanser, haklı olarak bütün kadınların en büyük kaygısıdır. Sadece östrojenin uzun süreli kullanımı halinde rahim kanseri riskinin arttığı bilinen bir gerçektir. Tedaviye progesteron ilavesinin nedeni de budur. Progesteron takviyesi, kanser riskini, toplumun geneli için söz konusu olan riskin altına düşürür. Uzun süreli HRT'nin meme kanserine yol açabileceği tartışılırken, şu anki bilgiler doğrultusunda kısa süreli HRT’nin (4-5 yıl) meme kanseri açısından güvenli olduğu düşünülmektedir. Ancak bilimsel araştırmalar, günümüzdeki düşük doz tedavilerin, meme hassasiyetini ve yoğunluğunu azalttığını göstermektedir