Günümüzdeki düşük doz HRT'lerde yan etkiler nadirdir ve geçicidir. Örneğin, bazı kadınlarda göğüslerde şişkinlik ve hassasiyet, başağrıları, bacaklarda kramplar, zaman zaman uyuşukluk ve bulantı olabilir. Bu etkiler genellikle 3 ay içinde geçer. Geçmezse doktorunuza danışmalısınız. Eğer 3 aylık HRT sonrası düzensiz kanamalarınız artarak devam ederse, doktorunuza danışmanız gerekir. Doktorunuz başka bir tedavi yada doz önerebilir