Nadiren enjeksiyon yerinde kızarıklık gibi geçici yan etkiler yaratsa da bu hormonların yumurtalık dışında etki yaratması söz konusu değildir. En çok korkulan bu ilaçların yumurtalığı uyarması yumurtalık kanserine yol açma potansiyelidir. Ancak yapılan bilimsel çalışmalardaki veriler bu ilaçların yumurtalık kanserini arttırmadığını kanıtlamıştır. Buna karşılık bu tedavinin en önmeli komplikasyonu dozu iyi ayarlanamayan aşırı duyarlı hasta grubunda yumurtalıkların aşırı uyarılarak hiperstimulasyon (aşırı uyarılma) tablosunun gelişmesidir. Bu tablo esnasında karında geçici olarak su toplanması ve damar içi sıvı azalması değişen oranlarda gelişebilir. Tamamen geçici olan bu durum uzman takibinde giderilip sekel bırakmamaktadır